鼻咽癌患者行核磁共振检查，能够看到鼻咽部癌组织信号高于周围的肌肉组织，如果做增强磁共振，强化可能更加明显，肿瘤组织的信号强度比较均匀，如果肿瘤局部出现坏死，可能信号强度欠均匀。所以通过做核磁共振检查，能发现鼻咽癌是否侵犯咽旁间隙、咽后间隙，有没有颈部淋巴结转移等相关表现，从而判断鼻咽癌与周围颈部血管的关系。
鼻咽癌做核磁共振检查，比CT检查更有优势，因为核磁共振检查判断软组织的分辨率比CT更高，CT检查主要是判断鼻咽癌有无骨质的破坏等相关情况，所以核磁共振是鼻咽癌检测的一种重要方法和手段。但临床上如果确诊鼻咽癌，还需要做鼻咽部的活检，取病理来确诊。此外，核磁共振还可以进行特殊的序列检查，比如DWI成像，能了解咽旁间隙、咽后间隙，以及颈部淋巴结转移情况，能发现其他更多的问题。除此以外，鼻咽癌还有其他检查方法，比如鼻咽镜能直接取活检，对于诊断也有一定的效果。当然在核磁共振检查的同时，可能还要进行血清中EB病毒和抗体的检测，进一步证实鼻咽癌的诊断。