功能性疾病和器质性疾病的区别在于：器质性疾病会有病理学上的实质性改变，例如出现炎症、溃疡或者其他病变。功能性疾病在病理学上并没有改变，仅是脏器、器官的功能有异常。例如胃肠道的蠕动功能障碍导致消化不良的表现，可能也会出现上腹饱胀、疼痛，甚至有便秘、腹泻的情况。但是，此时的胃肠道黏膜脏器本身没有实质性改变。如果是胃炎、胃溃疡，脏器的黏膜有实质性炎症和溃疡等改变，有病理学的变化。　　所以，虽然有时功能性疾病和器质性疾病的症状非常相似，但在治疗上有一定区别。