扁平疣的HPV和宫颈的HPV二者之间没有任何的相关性，是两个完全不同的疾病，不会相互的转化。
虽然都是人乳头瘤病毒感染，但两者之间病毒的型别是不一样的。扁平疣的HPV类型是低危的3型和5型，主要侵犯青少年的面部和手背等暴露部位，皮损的表现是肤色或者是褐色的扁平丘疹，表面光滑。宫颈HPV的类型是高危的16、18、31、33型，侵犯在宫颈、阴道及外阴等部位，疣体相对比较大，白色或者是粉白色，表面粗糙、不光滑。研究认为，高危型的HPV16、18与宫颈癌的发病有一定的相关性。