卵巢囊肿是否会有腹部疼痛的感觉，要根据卵巢囊肿的性质而决定，大多数的卵巢囊肿是卵巢生理性囊肿，也就是由于卵巢激素分泌造成的。卵巢生理性囊肿发生在月经的后半期，在月经结束之后往往会消失，这样的卵巢囊肿不会有疼痛的感觉。如果卵巢囊肿长到5cm以上，由于外力的压迫造成囊肿破裂，也会引起卵巢囊肿下腹部的疼痛。
子宫内膜异位囊肿也就是常说的卵巢巧克力囊肿，是造成痛经以及慢性盆腔疼痛的常见原因。卵巢子宫内膜异位囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，由于卵巢囊内有陈旧性血液，卵巢囊壁厚薄不一，受到外力作用可能造成囊壁的破裂，囊液流到盆腹腔会刺激盆腹膜造成下腹部疼痛。另外，由于子宫内膜异位病灶种植在盆腔骶骨神经上，也会造成腰骶部的疼痛。另外，卵巢的炎性囊肿，由于盆腔的炎症所形成的输卵管、卵巢脓肿等等，都有可能由于炎症的刺激引起下腹部疼痛。