肝胆管结石一般唯有通过手术治疗，才能获得治愈。手术方式通常包括两种，一种就是通过胆道镜或者ERCP取石，另一种可以考虑行肝叶切除，甚至胆肠内引流。
一般来说，肝胆管结石主要是色素性结石，目前认为与细菌感染有密切的相关性。如果肝胆管结石散发，结石比较小，而且刚好胆管扩张，此时可以通过胆管切开取石，用胆道镜取石或ERCP内镜下取石。如果为多发性，通常聚集在肝叶或肝段，此时由于长时间的肝胆管结石刺激，甚至有诱发癌变的可能。在临床治疗上，通常需要行肝叶或肝段切除。如果刚好位于左右肝汇合部位，甚至需要行胆肠内引流手术，不过从目前疾病发生的几率看，肝胆管结石，尤其是多发性的肝胆管结石越来越少。