艾滋病在感染之后如果进入到了艾滋病期，患者会因为病毒持续的复制导致免疫功能低下。CD4+T淋巴细胞数会非常低，因此可以继发各种各样的细菌感染，这时扁桃体也可以继发各种细菌感染而引起扁桃体发炎，例如金黄色葡萄球菌、链球菌都可引起扁桃体发炎。但是扁桃体发炎并不是患者艾滋病期特有的症状，因为普通人也会发生扁桃体发炎，这时其它各个系统会出现比较少见的机会性感染，例如肺孢子菌肺炎、隐球菌性脑膜炎、弓形虫脑病、巨细胞性视网膜炎，这些机会性感染在正常人中更加难以见到，而患者最终也会死于这些继发性感染。