龟头炎的治疗以外用药为主，口服药物为辅。首先说外用药，最常用的是一些清洗剂，比如聚维酮碘、洗必泰、新洁尔灭、硼酸溶液或者是淡盐水都可以。其次是配合外涂的膏剂，比如抗生素膏、抗霉菌的软膏，还可以配合外用的喷剂，比如几丁糖、壳聚糖这些喷剂以这些治疗为主。
有一些情况可以配合口服药，就是感染比较重，皮肤有破溃、溢脓、红肿非常明显，可以口服抗生素比如头孢菌素，喹诺酮类的像氧氟沙星之类的药物配合治疗，也可以配合抗真菌的药物像氟康唑、酮康唑等，配合治疗龟头炎。还有疱疹性的龟头炎，是疱疹病毒感染导致的，可以配合抗病毒的口服药物的治疗。