一般进行肿瘤标志物的检查并不能判断囊肿的性质，因为大多数囊肿都是一些良性病变，而肿瘤标志物检测的目的主要是提示恶性肿瘤存在的可能，有时病人的囊肿并不是单纯的囊腔，会有实性结构存在，也就是囊实性的病变，囊实性病变就有发生恶变的可能。如果囊实性病变的实性部分是恶性肿瘤，病人的肿瘤标志物就可能会出现增高的情况。
卵巢癌的病变就常常表现为囊实性的病变，病人血中的CA12-5可以出现明显增高的情况，这时可以根据CA12-5的升高以及升高的严重程度，来初步判断恶性的可能。对于怀疑是恶性肿瘤的病变，还应该进一步做卵巢超声检查，来观察病变的血液供应情况以及与周围组织的关系，必要时还可以在B超引导下做实性病变部位的穿刺活检及病理检查，来明确是否为恶性肿瘤。