肠套叠是指肠道一段套入与之相连的肠管腔内，幼儿比较多见。肠套叠手术后遗症一般不会有，因为操作起来比较简单，而且随着儿童的成长，肠道会再次生长进行修复，除非是在手术过程中损害肠道的神经，而神经细胞作为一种不可再生细胞，一旦神经被损伤，后天无法修复，患者可能会出现肠道消化功能障碍，比如消化不良，但肠道神经被损伤的现象非常少见。
还有一种后遗症就是肠道已经被切除，引起的消化道功能障碍，主要是由于患者肠套叠时间过长，导致肠道血液循环障碍，引起肠道坏死，手术中不得不切除肠道，切除肠道之后需要做肠吻合，术后容易出现吻合口溃疡、吻合口瘘等并发症。