会厌囊肿是发生在喉黏膜下的黏液性囊肿，如果伴发感染就表现为脓囊肿。它的主要症状表现，一般囊肿比较小的时候没有明显的临床症状。有的病人可以表现为轻度的咽部不适、咽干，类似于慢性咽喉炎的表现。
随着囊肿的增大可以出现咽部的异物感、吞咽困难，如果囊肿位于会厌的舌面，大多不会影响呼吸和发声。当囊肿位于会厌喉面的时候可能会影响声音，引起呼吸困难和声音嘶哑。
但是会厌囊肿大多是发生在会厌的舌面的，通过纤维喉镜检查可以看到在喉部会厌舌面上有圆形或者半圆形的黄白色或者黄色的囊肿样物。