需要根据具体情况来分析，如果双侧肾脏囊肿没有严重的并发症，例如出血、感染或者严重的肾脏积水，在孕期不建议做处理，因为任何处理都可以对胎儿造成或多或少的影响，如果想处理，当孕期结束以后再进行。如果双侧肾脏囊肿在孕期发生了严重的并发症，例如出血、感染、肾脏造成的积水而出现的肾功能严重的损害，就需要在保证胎儿安全的情况下做相应的处理。
如果是出血应用止血药物，或者卧床休息，药物的治疗必须对胎儿安全，例如感染可以应用对胎儿没有毒副作用的抗菌药物进行。如果造成肾脏严重的积水，必须在保证胎儿安全的情况下行外科穿刺治疗，使肾脏得到一定程度的恢复。如果想彻底的解决以上这些并发症，需要孕期结束以后才能进行。