怀孕39天出血的原因比较多，例如当存在有先兆流产的时候，因为孕激素和血HCG的持续下降，就会造成出血的几率发生,由于在39天的时候进行了同房或者过度劳累，由于这些外在因素刺激，也会造成胎儿不稳定，而会存在出血几率发生.
当存在精子质量以及卵子质量本身质量不是特别好，在进行结合之后就会造成胚胎的级别和质量下降，就会存在有先兆流产或者胚胎停止发育，也会存在有出血的几率发生.
当着床的时候会存在一定的出血，或者由于在孕囊的周围存在有一定的积液，这个时候也会存在一定的出血。建议要去医院进行孕酮、HCG的检查，根据情况进行保胎的治疗。