前列腺囊肿有先天性与后天性两种，先天性前列腺囊肿根据其发生的部位不同，而区分为发生在前列腺囊上的前列腺囊肿和发生在前列腺实质内的前列腺囊肿，前列腺囊肿的发生率明显高于前列腺实质内的前列腺囊肿。
对于较小的无症状的前列腺囊肿可以进行观察等待治疗，而对于一部分小的前列腺囊肿可以考虑经会阴或直肠抽吸囊肿，但该治疗方法容易造成感染和复发。
对于较大的前列腺囊肿可以考虑手术切除。手术的途径可以经过耻骨后或经会阴，也有人主张经骶骨路径暴露较好，有利于手术完全切除囊肿。如果囊肿突出至膀胱内，可以经膀胱切除。