由于大部分孩子的淋巴系统增生活跃，往往会引起扁桃体的生理性肥大，而且在孩子成年之后，扁桃体可能会有一定的缩小。
因此只要没有扁桃体反复发炎，一年超过3-6次，或者扁桃体过于肥大引起呼吸困难，或者引起免疫性疾病，比如风湿性关节炎、心肌炎或者肾炎等等，而且没有扁桃体上长有新生物的情况，可以不予处理。如果存在这些问题，需要手术切除治疗。
如果是急性炎症引起的扁桃体肥大，患儿可能会出现咽痛、发热、吞咽困难等情况，考虑是急性扁桃体炎所致，可以给予头孢或者阿奇霉素等抗炎药物治疗，并给予蒲地兰、双黄连等抗病毒药物治疗。
扁桃体可能会缩小，但也有部分孩子经消炎治疗之后不缩小的，一般也不需要特殊的处理。