在临床上针对厌氧菌感染常用的药物主要包括甲硝唑、奥硝唑以及吗啉硝唑，症状比较轻微时主张口服，症状严重时采用静脉注射，主要适应症是胃肠道感染或女性患者的盆腔炎。
在临床上甲硝唑相对价格比较便宜，使用以后出现恶心，甚至呕吐等消化道症状比较多见。奥硝唑和吗啉硝唑使用以后出现恶心，甚至呕吐的消化道症状相对比较少。