脑部核磁共振和CT的区别主要有以下几点：
第一、运用场景不一样，脑部CT多用于急性的颅脑损伤，例如患者头部受到外伤，最常用的首先是CT检查，可以帮助临床医生快速的判断是否有颅骨骨折及颅内出血。而脑部核磁则更多运用于亚急性以及慢性的颅脑损伤，去发现更多细小的出血。
第二、在观察颅脑颅内病变占位时，脑部核磁共振比脑部CT更有利，因为脑部核磁的软组织分辨率更高，在观察中枢神经系统疾病上面可以看到更多信息。因此，诊断上会比CT更有优势，但CT也是诊断脑部肿瘤不可或缺的影像学检查手段。
因此，两种检查手段相辅相成。