一般慢性膀胱炎治疗的疗程为两周左右，需要依据尿培养和药物敏感试验的结果选择有效的抗菌素，进行针对性的治疗，绝大多数患者都可以改善症状或者达到治愈的目的，同时需要配合一些理疗或者配合中药进行活血化瘀等治疗。
综合进行处理，部分患者可能需要配合抗焦虑的药物等进行治疗，改善患者的症状。对于绝经期的女性，必要时需要给予雌激素替代治疗，改善慢性膀胱炎的症状，应用有效的雌激素进行替代治疗可以使尿路黏膜的抵抗能力进一步加强。
使感染进一步痊愈，同时在治疗期间需要适当多饮水，保持一定量的休息，避免剧烈活动，避免不洁的性接触，都能有效的预防慢性膀胱炎再次发作。治疗期间需要定期到医院进行检查，动态观察症状改善的情况，必要时调整药物治疗。