肛门外长息肉，如果明确不是皮赘等病毒感染造成，大多都需要进行手术切除，在手术以后要进行病理诊断以明确息肉的性质。如果有恶性倾向，应进行扩大的肿瘤根治手术。
对于息肉的切除范围，既要保持一定的深度，也要保持一定的广度，这样既可以保持患者肛门的功能完整性，也能尽可能减少手术以后的息肉复发和癌变可能。
由于手术部位在肛门附近，局部伤口容易被细菌污染而形成创面的感染，因此对于肛周手术，大多需要应用抗生素预防或控制感染。