单纯疱疹属于疱疹病毒科A病毒亚科，根据抗炎性的差别，目前分为1型和2型,。1型主要是由口唇病灶获得，2型主要是生殖器病灶。这种1型和2型之间主要是2个的基因组织，相似的序列有50%的同源性，主要是通过DNA限制性内切酶分析来区别。单纯疱疹2型主要是生殖器疱疹的病原，一旦感染以后患者将终生携带这种病毒，并且周期性的出现生殖器疱疹的一些皮损。单纯疱疹2型还会增加HIV传播的风险，所以没有针对性治疗的这种疫苗出现，还有就是单纯疱疹2型有人认为还与宫颈癌有关系。