头孢克肟的副作用有偶尔用药后会出现休克，属于过敏引起的急性发作，需要紧急处理，否则可能会出现生命危险。
部分人会出现口腔有异物感、恶心、呕吐、便秘，个别的人会有过敏样的症状，比如呼吸困难、全身潮红、荨麻疹，少数会出现黄疸。头孢克洛的副作用有过敏反应，包括荨麻疹样的皮疹、多形性红斑、发烧，胃肠道症状会出现恶心、呕吐，偶尔可见失眠、神经过敏、头晕、嗜睡等中枢神经系统的表现。
在血液系统方面会引起再生障碍性贫血、溶血性贫血，用药过程中不管出现哪种副作用立马停药，可以得到有效的控制，个别重症需要及时就医。