双氯芬酸钠副作用比较大，主要表现为胃肠道的刺激症状，如恶心、呕吐、腹泻、腹部痉挛、消化不良、厌食、胀气等症状。少部分患者可能会出现胃肠溃疡、胃黏膜出血等情况，偶见患者出现头痛、头晕、眩晕、失眠等症状。还可能会出现转氨酶的轻度上升，罕见患者会出现一过性的皮炎、瘙痒等过敏反应，以及急性肾功能不全、尿异常、水钠潴留。个别病例还会出现血液系统的疾病，如白细胞、血小板等减少，溶血性贫血、再生障碍性贫血等情况。
由于双氯芬酸钠有可能会伤害女性生殖能力，所以用药期间不可以怀孕。妊娠期前两个月，及妊娠后三个月禁用此药。重度心力衰竭患者以及严重的肝、肾和心脏功能衰竭患者禁用此药。有胃肠道出血，或者活动性消化道溃疡、出血、穿孔史的患者禁用或者慎用此药。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用，请遵医嘱用药。