无痛肠镜和普通肠镜的区别在于，无痛肠镜是在麻醉状态下完成的，普通肠镜患者是清醒的，整个治疗过程病人清醒，整个操作过程都知道，可以配合医生。
无痛肠镜是在多数情况下是静脉麻醉，患者是在睡眠状态下医生完成的操作，主要的区别就是一个是病人是清醒，一个是睡眠状态下、麻醉状态下的，其他过程医生的操作流程都是完全一样的。
另外区别就是在费用上，无痛肠镜多半会比普通肠镜要贵500-800块钱，各个地方收费不一样。典型的区别就是两个，其他的术前准备、医生操作基本都是一样的。