肝囊肿主要呈现低密度，肝囊肿是由外周囊壁和内部清亮液体而构成。液体在CT下面主要是呈现均一的低密度影，除非是肝囊肿内部出现了钙化，钙化会局部呈现有少许的高密度影。总体来说，肝囊肿主要呈现低密度影。
通常单纯的CT平扫没有办法确认是肝囊肿，最好进行增强扫描确认一下囊腔内部是否有相应的血供系统，不仅能够跟恶性肿瘤鉴别，有时也能跟其他囊性病变，比如囊腺瘤、囊腺癌进行相应鉴别。单纯的肝囊肿若不大，通常不需要特殊处理，除非肝囊肿很大，引起了压迫症状，或者囊腔内合并出现了出血、感染、胆瘘等情形才需要进一步处理。