在一些危重、老年体弱的患者，当咳嗽、痰多不易咳出时，痰液易潴留于支气管内而发生呼吸衰竭的加重、肺部感染难以改善。此时多需要行支气管镜的操作吸出气管内的分泌物，但气管镜吸痰时可发生以下副作用。
首先最常见的是咳血，因为气管镜插入不当或操作粗暴、患者剧烈咳嗽等原因，而造成气管壁创伤性的出血所致。其次是低氧血症，气管镜的操作过程中易发生刺激喉、气管的痉挛诱发呼吸困难，而表现为缺氧的症状。
再者就是心脏的并发症，患者多会出现心率的增快，而易出现心律失常，少有心脏骤停的发生。另外少部分患者特别慢阻肺、高龄的患者，气管镜的冲洗吸痰操作易发生感染的扩散而出现发热的现象。