腹痛是功能性肠病最突出的症状，还有消化道症状、精神心理异常，具体如下：
1、腹痛：腹痛最常发生在进食后和排便前，多数在排便、排气后明显缓解、减轻，疼痛的部位可以是局限性，也可能范围较广且定位模糊，西方以左下腹多见，我国及亚洲患者以脐周、上腹更为多见。疼痛性质以钝痛和胀痛最多，也可呈绞痛、锐痛、刀割样痛，一般无放射痛，偶可牵涉至腰背部、季肋部、会阴部，腹痛的程度多为轻中度，大多可以耐受，极少因剧痛而影响工作和生活。
2、消化道症状：患者可有腹泻、便秘或腹泻便秘交替，有些伴有排便过程的不适，也可表现为上腹痛、上腹灼痛、早饱、餐后饱胀、嗳气、恶心等十二指肠症状，烧心、反流、吞咽梗阻感、异物感等食管症状。
3、精神心理异常：相当多的患者伴有焦虑、抑郁、疑病、睡眠障碍等精神心理异常，表现为躯体化症状，部分患者并存纤维性肌痛、慢性盆腔痛、慢性疲劳综合征。