肾盂肾炎和肾结石从影像学上检查非常容易区别，肾盂肾炎和肾结石都可能会出现肾区疼痛或者发热、尿频、尿急等症状，单从症状上不容易进行分辨，但是经过B超检查可以非常明确的分辨。
肾脏结石B超检查可以发现有明确的高密度回声，同时回声的背后存在结石的声影改变，而肾盂肾炎肾盂内不会发现结石的高密度回声，所以使用B超可以非常清晰的鉴别。
还可以使用尿常规的进行鉴别，当肾脏结石不合并感染时，一般只会存在红细胞，不会存在白细胞，而肾盂肾炎不但会出现大量的白细胞，还可以出现病理性的管型增多等。
也可使用CT的方法来进行鉴别，只要在CT内发现密度增高的结石影，则可以确诊为肾脏结石，而肾盂肾炎在肾脏CT上不会出现密度增高的结石影。