头孢克肟和阿奇霉素的作用机理上不同，以及不良反应不同，具体如下：
1、作用机理不同：头孢克肟属于头孢菌素类第三代抗生素，抗菌作用强，抗菌范围广，毒性小，临床使用广泛，主要应用于革兰氏阴性杆菌的感染，通过抑制细菌细胞壁的合成来达到杀菌作用。对β－内酰胺酶比较稳定，对革兰氏阴性杆菌作用强于第一代和第二代头孢菌素，但是对革兰氏阳性球菌的作用不如第一代和第二代头孢菌素类，可用于支气管炎、肺炎、泌尿系感染、胆道感染治疗。阿奇霉素属于大环内酯类抗生素，此药物能够作用于细胞核糖体亚单位的RNA，从而抑制细菌蛋白质的合成，起到抵抗细菌的作用。阿奇霉素片针对肺炎、支原体、衣原体、沙眼衣原体等非典型病原微生物相对于作用较强，适用于敏感菌株以及沙眼衣原体等所引起的一系列感染。
2、不良反应不同：头孢克肟服用会引起胃肠道不适的反应，严重者可出现肝肾功能的异常，阿奇霉素片最常见的副反应为胃肠道不适、肝功能异常、变态反应等，在服用抗生素期间要密切观察不良反应。