藏毛窦的治疗分为手术方法和非手术方法，手术方法当然是主要的方法，但是在炎症时期，还是要非主手术治疗的方法，比如用抗生素、半导体激光，还可以用中医中药，局部加强排脓、散结也是可以的。还可以用硬化疗法，使局部能够发生纤维化，使囊腔和窦道能够闭合，内注腐蚀的药物，破坏窦内和囊内的上皮。手术方法有切开部分缝合、切开一期缝合、切除伤口开放、带形缝合术的方法等多种方法。