长期服用水飞蓟最常见的副作用是胃肠道反应，如恶心想吐、腹泻、消化不良和食欲不振等，还可能会出现胸闷、头痛等不良反应，极少数患者可能会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，甚至可能会出现肝功异常等表现。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用。
长期服用的患者需要定期检查肝脏功能，用药过程中如果出现身体不适，需要立即去医院。水飞蓟能够稳定肝细胞膜，保护肝细胞的酶系统，清除肝细胞内的活性氧自由基，从而提高肝脏的解毒能力。但长期服用会增加不良反应发生的频率和程度，给身体造成伤害，因此不可擅自长期服药。