脑鸣和耳鸣最大的区别在于脑鸣是发生在脑内，不分左侧或右侧。耳鸣有可能是单侧耳鸣或者双侧耳鸣，单侧耳鸣很容易和脑鸣进行鉴别。
双侧耳鸣和脑鸣进行鉴别就需要做其它的辅助检查，比如脑鸣需要由神经内科的医生做神经科体检，做经颅多普勒检查、头颅CT或者核磁的检查，以及血管成像方面的检查，明确脑鸣的原因和性质。
双侧耳鸣则需要做耳内镜的检查、纯音测听、声导抗、耳声发射、耳鸣匹配、脑干听觉诱发电位，以及相关的其它检查，从而明确双侧耳鸣的诱因和性质。如果脑鸣和双侧耳鸣共同存在，则需要将脑鸣的检查和耳鸣的检查都一起做好。