母乳性腹泻主要是根据临床症状判断的，具有明显特征。腹泻每天大便次数是3-7次，大便呈泡沫稀水样，气味有特殊酸臭的味道。大便稀，微微发绿，有泡沫，有时有奶瓣，带有条状透明的黏液。
孩子不会有发热，没有明显的哭闹，大便化验是正常的结果。腹泻程度没有达到脱水程度，孩子状态良好，食欲良好，虽然腹泻的病程比较长，但是不影响孩子体重增长，孩子体重能够增长达到正常增长标准。腹泻迁延不愈一般是纯母乳喂养的孩子，在孩子添加辅食之后，母乳性腹泻自然好转。