男性沙眼衣原体阳性不严重，就是非淋菌性尿道炎。建议吃罗红霉素、多西环素、米诺环素、克拉霉素、阿奇霉素等，每天吃药0.3-0.5克，每晚睡前口服一次，通过7-14天的治疗都可以达到治愈，停药3天后复查是否已完全治愈。
男性有沙眼衣原体感染，如果已婚，有性交，性交对象也应该同时进行治疗，因为这是一种通过性接触传染的疾病，只有男女双方同时治疗好，才可以避免再次发生感染。男性沙眼衣原体感染长期效果不好，有可能导致男性不育症。