细菌性结膜炎的患者需要使用抗细菌的药物，在明确致病菌之前要使用广谱抗菌药，明确致病菌之后要给予敏感抗菌药，常用的局部用药是左氧氟沙星滴眼液、氧氟沙星滴眼液，以及加替沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、阿奇霉素滴眼液等，常用的局部眼药膏有红霉素眼膏、氧氟沙星眼膏、妥布霉素眼膏等。
如果致病菌是淋球菌或脑膜炎球菌，除了局部用药外，要及时给予足量的全身应用抗生素，如肌注或静脉用药，需要大剂量肌注青霉素或头孢曲松，同时要联合口服阿奇霉素或喹诺酮类抗生素。