巧克力囊肿的手术，包括开腹手术和经腹腔镜手术。开腹手术一般来说创面相对来说比较大，而腔镜手术属于微创手术，是巧克力囊肿手术的金标准，也是最好的方法。
手术可以是单纯的巧克力囊肿剥除术，对于粘连比较少、单发的巧克力囊肿，又有生育要求，也就是想保留生育功能的女性，做巧克力囊肿的剥除术。
对于粘连比较重，但是又有生育要求，可以把内膜异位灶切除以后，切除一侧卵巢，保留另一侧卵巢和子宫，来保留生育功能。
对于粘连很重，已经完成了生育要求，盆腔以及宫骶韧带等等很多地方有异位，形成了小的囊肿，这种人可能要进行子宫以及双侧附件切除，也叫根治性手术，切了以后就不会再痛了，不会再有子宫内膜异位症了。
所以巧克力囊肿是要根据患者的年龄、生育要求以及囊肿的范围、侵犯的范围来决定。