咽峡炎和扁桃体发炎区别主要在以下几个方面：
第一、发病的部位不一样，扁桃体炎病变主要是在扁桃体的表面和扁桃体的实质里面，临床上多以扁桃体化脓，充血等等表现为主。咽峡炎，病变主要在咽部和咽峡部的黏膜，主要局限在前弓软腭舌根部等等相关的部位，一般以疱疹性咽峡炎等等病变比较多见。
第二、发病的时间不一样，扁桃体炎可以是急性化脓性扁桃体炎，也可以是慢性化脓性扁桃体，咽峡炎临床上大多数都是急性的，很少有慢性咽峡炎这种说法。
第三、症状不一样，扁桃体炎可以表现为咽疼、咽部异物感、咽干等等不舒服，咽峡炎主要以咽疼等为主要表现，还可以出现发热等全身表现。