瘢痕子宫怀孕以后如果符合药物流产的指征，同样可以选择药物流产。药物流产是指应用药物的方法终止早期妊娠，一般用于妊娠小于49天的患者，如果子宫有瘢痕，手术流产的风险比较高，可以选择药物流产的方法来进行终止妊娠。
药物流产是以米非司酮，以及米索前列醇配伍为最常用的方案，米非司酮是一种类固醇的合剂，具有抗孕酮的作用，对于子宫内膜孕激素受体的亲和力比较高，可以阻断孕酮的活性而终止妊娠，使妊娠的蜕膜坏死，释放内源性的前列腺素，促进子宫收缩以及宫颈软化。同时，米索前列醇也可以起到刺激妊娠子宫收缩的作用，与米非司酮联合使用，可以有效提高药物流产的效果。
药物流产的过程中需要行彩超的检测，确定宫内妊娠，以及排除瘢痕妊娠的可能，在应用药物流产期间需要观察阴道出血的情况，一般建议在有抢救条件的医疗机构进行药物流产，避免药物流产的过程中阴道大量出血，危及患者的生命，出现阴道出血量多时，需要急诊行清宫手术。