全飞秒手术的后遗症比较少，如果出现后遗症，可能有以下几点：
1、干眼症：目前近视眼手术之后比较常见的后遗症是干眼症，特别是对术前就有干眼症的患者，术后干眼症症状有可能会加剧，可能会变得明显，主要是患者术前就有，在进行全飞秒手术以后角膜有相应的切口，而且其形态改变，泪液的分泌、形态、分布发生了异常改变，这样会导致干眼症加重。所以在术后要定期复诊，按时滴用相应的滴眼剂来改善干眼症的症状。
2、再近视：有一些患者在术后过度使用眼睛，特别是近距离用眼时间特别长，也会发生再近视，而且在术后要遵照医生的嘱托，按时滴用相应的滴眼剂，保证角膜以正常的速度愈合，这样也是预防再近视的方法之一。
3、角膜感染：在全飞秒激光手术(即全飞秒手术)之后，有可能会发生角膜感染等症，在术后也要按医嘱定时滴用抗感染类的滴眼剂，防止角膜感染而引起一些后遗症。