焦虑抑郁症的确诊是临床医生根据症状做出判断，最后确定诊断。目前焦虑和抑郁还没有明确的生物学检查手段，主要的辅助检查有心理测试、眼动检查、脑神经递质功能检查等。
但是最终的确定诊断需要医生详细的询问病史，完善相关精神检查，根据各种症状构建症状的综合征，最后做出明确诊断。在明确诊断之前要排除器质性疾病，比如心慌、胸闷时要排除是否存在心脏方面的问题，头晕、头疼时要排除是否存在神经系统的问题，恶心、呕吐时要排除消化系统问题。