鼠疫的潜伏期一般较短，大多数患者在1-6天，而肺鼠疫、败血症鼠疫则1-2天，曾经接受预防接种的人可达到9-12天。
过了潜伏期后，患者可以出现畏寒、发热以及全身的毒血症状，可伴有恶心、呕吐、腹泻及身体各个部位的出血。也可出现呼吸急促、发绀、血压下降等全身多脏器功能衰竭的情况。临床上可以分为腺鼠疫、肺鼠疫以及败血症鼠疫，每种鼠疫都有不同的临床表现。鼠疫是属于甲类传染性疾病，传染性极强，如果发现现症感染的患者，需要在2小时内上报。