奥硝唑、替硝唑和甲硝唑，均为硝基咪唑类抗生素，甲硝唑是第一代，替硝唑为第二代，而奥硝唑是第三代。它们药理作用机制相似，主要用于各种厌氧杆菌的治疗。替硝唑对各种常见的致病厌氧菌，以及滴虫的杀灭作用更加明显，活性比甲硝唑强2-4倍，而奥硝唑的作用效果更强。在临床疗效方面，奥硝唑治疗厌氧菌和滴虫性阴道炎的疗效，要比其他两种更为突出。三者在口腔中厌氧杆菌的治疗方面效果均比较好，其中甲硝唑起效慢，并发症较多，而奥硝唑和替硝唑一周内就有明显的疗效，而且不良反应比较少。甲硝唑可以用于艰难梭状芽胞杆菌引起的伪膜性肠炎的治疗，而替硝唑和奥硝唑无此适应症。
在不良反应方面，三个药物的不良反应均可能会出现消化系统的反应，如恶心、呕吐、胃部不适，神经系统的反应，如头痛、眩晕等，还有过敏反应等。其中甲硝唑的不良反应发生率最高，而替硝唑的不良反应少见而且轻微，在高剂量使用时也可能会引起癫痫发作或者周围神经病变。奥硝唑通常具有良好的耐受性，但可能会引起白细胞的减少。同时要注意，甲硝唑和替硝唑可抑制乙醛脱氢酶的活性，导致双硫仑样反应，而奥硝唑无此作用。总体来说，甲硝唑的不良反应要大于替硝唑和奥硝唑。