正常情况下宫颈腺体会分泌液体，在正常的生理周期中或者性兴奋时也会分泌液体，起到润滑、保湿和维持生殖道微环境的作用。如果出现宫颈局部炎症改变或者手术损伤后导致局面纤维化，炎性改变和纤维渗出会造成宫颈管腺体开口的堵塞。堵塞后宫颈管腺体排出的液体不能很好的排到腺体之外而造成腺体阻塞，慢慢的宫颈管局部形成囊肿，叫纳氏囊肿。
其形成原因主要是慢性炎症、急性宫颈损伤、手术创伤等造成宫颈局部腺体开口堵塞，引起腺体内的腺液不能很好的排出，在局部逐渐形成囊性肿物。所以炎症和手术创伤造成宫颈局部腺体开口腺管堵塞的原因，就是宫颈囊肿形成的原因。