临床上，金银花口服液主要是应用于急性上呼吸道感染，以及咽炎、扁桃体发炎的症状，主要是因为具有疏风清热、清热解毒的作用。对于扁桃体发炎的症状，如果是因为细菌性感染才出现的症状，金银花口服液只能作为辅助的药物，主要以抗生素类的治疗药物为主，比如临床上广谱抗菌药物、青霉素类或者头孢类的药物治疗。
细菌性扁桃体发炎可以配合用金银花口服液，而且只是有些轻微扁桃体发炎的时候，也可以单独用金银花口服液。