当患者因肺内感染出现呼吸衰竭时，病情一般比较严重。如果患者考虑为肺内感染时，可完善相关检查来评估可能感染的致病微生物，并给予相应治疗。
例如细菌感染者需要使用抗生素进行治疗，病毒性肺炎可使用抗病毒、清热解毒的药物，同时给予对症的治疗。
如果患者是因为支原体、衣原体的感染引起的肺炎，可使用大环内酯类抗生素以及喹诺酮类抗生素。
如果患者出现呼吸衰竭时，Ⅰ型呼吸衰竭需要吸氧，同时给予无创呼吸机，Ⅱ型呼吸衰竭患者首选无创呼吸机，无创呼吸机无效的情况下还可以考虑有创呼吸机的治疗。