卵巢囊肿发生的原因是多方面的，因为它本身就分生理性的和病理性的。生理性的卵巢囊肿大多见于生长发育的卵泡和黄体囊肿，这是由于如果在排卵期女性去做B超检查，可能在B超下面正好看到一个发育的卵泡，医生也可能会提示卵巢囊肿。在排卵期过后一周左右，如果黄体增大，也可能会形成黄体囊肿。病理性的卵巢囊肿大多见于畸胎瘤、子宫内膜异位症等病变，这些情况有它们各自的原因。子宫内膜异位症是指子宫内膜长在卵巢上面而形成的囊肿，畸胎瘤是指胚胎在胎儿的时候导致生殖细胞功能紊乱引起的囊肿，这两种病理性囊肿的患者需要到医院做检查和治疗。