疣状心内膜炎有药物治疗、全身支持治疗和手术治疗。药物治疗，急性期主要用激素和免疫抑制剂治疗，必须接受4-6周的抗生素治疗包括用青霉素和肾上腺皮质激素。
抗凝治疗防止纤维素和血小板进一步沉积，可以服用阿司匹林和华法林片等。因疣状心内膜炎存在感染的可能，全身营养吸收的状况比较差，全身支持疗法在于给予足够的高蛋白、高维生素。
同时控制盐分，过高的盐分会导致出现钠堆积在体内加重疾病。如果白蛋白偏低适当可以补充白蛋白、血浆等物质，强心、利尿剂改善血液循环排除心脏负荷物。
如果瓣膜病变严重导致关闭不全或重度狭窄，考虑病情稳定的情况下，进行瓣膜置换术治疗。