肾脏囊肿一般不会出现腰疼的感觉，如果出现腰疼的感觉，往往不是肾脏囊肿造成的。除非肾脏囊肿体积很大，直径达到10cm，或者肾脏囊肿伴有感染、出血或者其他情况，做相应的泌尿系统彩超可以进行鉴别诊断。
绝大多数情况下，肾脏囊肿伴有的腰痛不是囊肿造成的，而是由于肾脏周边的组织，例如皮肤、腰肌或者骨骼出现异常。如果出现皮肤的病变，需要对症治疗，而腰肌出现病变最常见的形式是腰肌劳损，需要休息才能解决问题。如果骨骼出现异常，最常见的是椎间盘突出和骨质增生，想解决这个问题需要到骨科进行处理。