核磁共振检查使用范围很多，最常用的检查是头颅内的一些病变，比如颅内出血、颅内梗塞的早期发现。核磁共振检查还能观察腹腔脏器的一些病变，比如肝脏肿瘤、肾脏肿瘤、腹腔其他的一些肿瘤性病变，或者其他的先天性病变。
核磁共振检查还特别适用于软组织及肌肉等病变的一些检查，核磁共振检查对一些感染性的病变，比如骨骼系统的感染，能很好的显示累及范围和病变的严重程度。因此核磁共振检查的应用领域十分的广泛，需要临床大夫根据具体病情进行综合的考量。