肾囊肿的症状有多种多样，囊肿比较大时会出现腰痛，以钝痛为主；还可以合并感染，可以出现尿频、尿痛、发烧、体温增加等等；还有一个它可以合并出血，尿里面有血可以看的到，或者镜下有血，对于这种情况多半都是需要进行治疗的；还可以合并钙化合并结石，这个时候需要和囊性肾癌以及其他的疾病进行鉴别。
肾囊肿如果它比较小，可以没有症状，比较大的时候，它可以压迫肾的集合系统，它可以造成积水，影响肾功能，是需要进行积极治疗的。