尖锐湿疣如果不治疗，首先可以逐渐长大影响局部功能，比如长在尿道口的尖锐湿疣，如果不治疗可以引起排尿不畅、排尿困难。如果是长在肛周或肛内的尖锐湿疣，不治疗可能会引起便秘、排便困难、便血、排便疼痛等症状。
尖锐湿疣如果长到一定程度不治疗，可以出现缺血、坏死、破溃以后可能会继发细菌感染，这样就会引起感染化脓，甚至全身性的感染症状。更为严重的是一些高危型人乳头瘤病毒感染所引起的尖锐湿疣，还有可能诱发局部细胞的恶变，导致癌症。比如女性的宫颈癌、男性的阴茎癌，还有肛门癌、外阴癌等，都与乳头瘤病毒的长期感染有较密切关系。