新生儿宫内感染是指胎儿未出生之前，在妈妈子宫内就已经发生感染，所以感染的原因和母体是密切相关的。
比如一部分母亲在分娩前已经发生感染，尤其是呼吸道感染或者肠道感染都容易引起绒毛膜及羊膜炎，也就是胎盘感染，从而导致新生儿感染。
还有另一部分母亲阴道里面定植菌发生感染，最常见的链球菌感染。
还有一些因为胎膜早破发生的逆行感染，导致胎儿在宫内感染，也有一些原因是妈妈接触一些动物，如猫、狗，这些动物体上本身就携带病毒，可以导致新生儿在宫内发生病毒感染。
还有其他的原因，有些妈妈有传染病，比如梅毒、艾滋病等等，所以分娩的新生儿可能会发生先天性梅毒等等。